Nació en Madrid el 12 de febrero de 1931. Fue el cuarto de cinco hermanos, hijo de D. Julio Pérez Aubá, funcionario del estado, y Dª María Luisa Fernández-Golfín Guerrero de Portanova, hija y nieta de general, de larga tradición militar. Vivió la guerra civil española siendo muy niño en Madrid y Barcelona, escapando providencialmente de la muerte en varias ocasiones. Durante su juventud perteneció a la Acción Católica. Después de cursar el Bachillerato Superior, ingresó en el Seminario Conciliar de Madrid. Fue ordenado sacerdote en Madrid el 26 de mayo de 1956, a los 25 años, en la entonces Catedral de San Isidro. Su primera misión pastoral fue la de párroco de Alpedrete (Madrid) y encargado de Los Negrales, de 1956 a 1962. Realizó varios cursos sobre espiritualidad y dirección espiritual. En 1962, el entonces Patriarca obispo de Madrid, D. Leopoldo Eijo Garay, le nombró director espiritual del Seminario, cargo que desempeñó hasta el año 1973, simultaneando este cargo con el de profesor de formación religiosa en la Escuela Técnica de Ingenieros de Caminos. Durante todos estos años se distinguió por su acierto en aplicar la renovación del Concilio Vaticano II a la formación sacerdotal y por su capacidad de discernimiento. Inculcó una espiritualidad sólida y duradera, de gran ayuda en momentos de cambios difíciles y de crisis.

Don Francisco José Pérez y Fernández-Golfín tenía una gran experiencia de ejercicios espirituales, especialmente para sacerdotes y seminaristas, y fue requerido para ponencias y comunicaciones en diferentes congresos y reuniones de estudio y espiritualidad. En 1965 se licenció en Teología Dogmática en la Universidad Pontificia de Comillas. Su tesina de licenciatura versó sobre el tema: "Todas las cosas aman a Dios en el pensamiento de Santo Tomas". En 1970 se diplomó en Psico-pedagogía en la Escuela de la Federación Española de Religiosos de la Enseñanza.

En 1973 solicitó un traslado para atender mejor a sus padres ya ancianos, y el cardenal-arzobispo, Monseñor Vicente Enrique y Tarancón, le nombró párroco de San Jorge, parroquia de nueva creación pero aún sin templo ni funcionamiento, cargo que desempeñó hasta 1983. Durante estos años fue elegido arcipreste del arciprestazgo de San Agustín y desarrolló una fecunda labor pastoral de evangelización y catequesis familiar, de adultos y de infancia, pastoral juvenil y vocacional, gran promoción de la caridad y vida consagrada.

En 1974 obtiene la licenciatura en Teología Moral en el Instituto Superior de Ciencias Morales con una tesis sobre: "El amor a los enemigos en el Nuevo Testamento".

En diciembre de 1983, el nuevo arzobispo, don Ángel Suquía Goicoechea, le nombró Vicario Episcopal de la Vicaría I, cargo que desempeñó conjuntamente con el obispo auxiliar monseñor Ricardo Blanco Granda.

En el año 1985, fue designado por el Santo Padre Juan Pablo II obispo auxiliar de Madrid. Su lema sacerdotal fue también el episcopal: "Libentissime impendam et superimpemdar ipse pro animabus vestris" (2Cor 12,15) "Muy gustosamente me gastaré y me dejaré desgastar por vuestras almas". Junto a otras muchas responsabilidades se ocupó especialmente en estos años del cuidado de los sacerdotes y religiosos.
Fue nombrado por el Papa Juan Pablo II Obispo de Getafe el día 23 de julio de 1991. Tomó posesión de su Sede, ante el nuncio de su Santidad, Monseñor Tagliaferri, y once prelados más, el 12 de octubre del mismo año, donde permaneció hasta su fallecimiento, después de poner en marcha la nueva diócesis y sus instituciones.

En la Conferencia Episcopal fue miembro de las Comisiones Episcopales del Clero, de 1985-1990; de Límites, de 1993-1996; de Seminarios y Universidades, desde 1987.

A los 73 años de edad y con más de 12 años de servicio episcopal en la Diócesis de Getafe, falleció el día 24 de febrero de 2004, pocas horas antes del inicio de la Cuaresma. La muerte le sorprendió en su residencia del Cerro de los Ángeles, tras sufrir una caída como consecuencia de un ataque al corazón.